Το 1962 ηχογράφησε όλες τις κλασικές παραστάσεις του Καραγκιόζη στην «Κολούμπια», οι οποίες κυκλοφόρησαν σε δίσκους. Το 1966 ήταν από τους πρώτους συνεργάτες του Πειραματικού Σταθμού Τηλεόρασης του ΕΙΡ (ΕΡΤ). Η συνεργασία του με τη δημόσια τηλεόραση κράτησε έως το 1992.
Αξιόλογη θεωρείται και η δράση του στον τομέα του θεάτρου, όπου σκηνοθέτησε ή σκηνογράφησε με τεράστια επιτυχία τις παραστάσεις «Μέγας Αλέξανδρος» με το Ελληνικό Χορόδραμα (1950) και τη Σοφία Βέμπο (1954), «Το ταξίδι» του Γιώργου Θέμελη (1965), «Καραγκιόζης Δικτάτορας» του Γιώργου Γιαννακόπουλου (1969), «Το μεγάλο μας τσίρκο» του Ιάκωβου Καμπανέλλη (1972), «Καραγκιόζης παρά λίγο Βεζύρης» του Γιώργου Σκούρτη, «Τα Καραγκιοζέϊκα» του Βασίλη Ρώτα και άλλα.
Το 2001, σε συνεργασία με τους μουσικούς Λουδοβίκο των Ανωγείων και Ψαραντώνη, παρουσίασε με πρωτότυπο τρόπο στην Ελλάδα και το εξωτερικό τον «Ερωτόκριτο» του Βιτσέντσου Κορνάρου. Την ίδια χρονιά το Θέατρο Τέχνης ανέβασε το έργο «Πλούτος» του Αριστοφάνη με πρωταγωνιστή τον Ευγένιο Σπαθάρη. Σύμφωνα με τον ίδιο, η παρουσία του στο θέατρο της Επιδαύρου υπήρξε ο πιο σημαντικός σταθμός της ζωή του. Το 2003 έγραψε και ανέβασε το δεύτερο θεατρικό του έργο «Ε! ρε γλέντια», το οποίο παρουσιάστηκε στην Αθήνα και στην περιφέρεια με τον Τάκη Βαμβακίδη στο ρόλο του Καραγκιόζη.
Ο Σπαθάρης εμφανίστηκε και στον κινηματογράφο, στις ταινίες «Πικρό Ψωμί» του Γρηγόρη Γρηγορίου (1950), «Ο εξυπνότερος άνθρωπος του κόσμου» (1950), «Κιβωτός» μαζί με τη Μελίνα Μερκούρη και τον Μίνω Αργυράκη (κινούμενα σχέδια 1956), «Μέγας Αλέξανδρος» του Γιώργου Ζερβουλάκου (1960), «Λυσιστράτη» του Γιώργου Ζερβουλάκου (1974) και «Τεριρέμ» του Απόστολου Δοξιάδη (1992), σε οκτώ ταινίες παραγωγής της Ιωαννίδης Φίλμς με κλασικές κωμωδίες του Καραγκιόζη (1962) και και σε πολλά ντοκιμαντέρ αφιερωμένα στην Ελλάδα.
Εκτός από το τεράστιο έργο στον τομέα του θεάτρου σκιών, ο Ευγένιος Σπαθάρης διακρίθηκε και ως ζωγράφος, με περισσότερες από 50 ατομικές και ομαδικές εκθέσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Στους πίνακές του διατήρησε έντονα τα κύρια χαρακτηριστικά της λαϊκής ζωγραφικής, που τα έδενε μεταξύ τους με πρωτοφανή ρεαλισμό και μεγάλη χρωματική ζωντάνια. Ασχολήθηκε επίσης με τη διαφημιστική αφίσα, την εικονογράφηση παιδικών βιβλίων και τη φιλοτέχνηση εταιρικών ημερολογίων.
Ο Ευγένιος Σπαθάρης είχε τιμηθεί με αναμνηστικές πλακέτες, τόσο στην Ελλάδα, όσο και στο εξωτερικό, για τη σημαντική και πολύχρονη προσφορά του στο θέατρο σκιών. Το 1980, στο φεστιβάλ Ιθάκης πήρε το βραβείο καλύτερης σκηνοθεσίας, σκηνογραφίας και ενδυματολογίας για το έργο «Ο Τιλάλης» του Μιχάλη Μπουρμπούλη.
Τον Ιούνιο του 1995 ο Δήμος Αμαρουσίου εξασφάλισε μία μόνιμη στέγη για τον Καραγκιόζη και τους υπόλοιπους φίλους του, στην καρδιά της πόλης, ιδρύοντας το Σπαθάρειο Μουσείο Θεάτρου Σκιών. Τον Φεβρουάριο του 2007 το Υπουργείο Πολιτισμού τον τίμησε για την πολύτιμη προσφορά του στην τέχνη και την ελληνική λαϊκή παράδοση, απονέμοντάς του αναμνηστική πλακέτα και διοργανώνοντας εκδήλωση αφιερωμένη στην εξηπεντάχρονη δράση του.
Ο Ευγένιος Σπαθάρης πέθανε στις 9 Μαΐου 2009, σε ηλικία 85 ετών. Ο μεγάλος δάσκαλος του θεάτρου σκιών νοσηλευόταν στο νοσοκομείο ΚΑΤ, επί τέσσερις ημέρες, με βαρύτατες εγκεφαλικές κακώσεις που υπέστη όταν στις 6 Μαΐου έχασε την ισορροπία του κι έπεσε από τη σκάλα, κατά τη διάρκεια εκδήλωσης στο ινστιτούτο Γκαίτε.
